Michael descobre que Sara ainda está viva e a reencontra. T-Bag, Sucre e Bellick conseguem sair de Sona, provocando um incêndio. Um policial da Agência de Segurança Nacional chamado Self, promete dar liberdade à Michael e seus companheiros (Lincoln, Sucre, Bellick, Mahone e Sara) se conseguissem pegar Scylla. Michael elabora então um plano para roubar, ou melhor, copiar os seis cartões e poder então invadir a Companhia e roubar a Scylla.
4 - 1Scylla Sep. 01, 2008
4 - 2A Invasão Sep. 01, 2008
4 - 3A Busca Continua Sep. 08, 2008
4 - 4Águias e Anjos Sep. 15, 2008
4 - 5Sã e Salva Sep. 22, 2008
4 - 6O Erro Sep. 29, 2008
4 - 7O Quinto Cartão Oct. 06, 2008
4 - 8O Preço Oct. 20, 2008
4 - 9Resultado Inesperado Nov. 03, 2008
4 - 10A Planta Nov. 10, 2008
4 - 11Rebelião Silenciosa Nov. 17, 2008
4 - 12Altruísmo Nov. 24, 2008
4 - 15Experiência de Vida e Morte Dec. 15, 2008
4 - 16O Estado Ensolarado Dec. 22, 2008
4 - 17Traição Apr. 17, 2009
4 - 18VS Apr. 24, 2009
4 - 19A Conferência May. 01, 2009
4 - 20Mocinhos e Bandidos May. 08, 2009
4 - 21A Troca May. 15, 2009
4 - 22A Verdade Revelada May. 15, 2009